Ympäristöjärjestelmä on käytännön työkalu jonka tehtävänä on varmistaa ympäristönäkökulman liittäminen mukaan päätöksentekoon, työhön ja työtapoihin. Järjestelmä pohjautuu ISO 14001 standardiin ja EMAS –asetukseen. Järjestelmää ei ole sertifioitu eikä rekisteröity. Jyväskylän kaupunkiorganisaatiossa puhutaan ekotehokkuudesta: taloudellisen ja ympäristönäkökulman yhteensovittamisesta.
Vuonna 2005 puuttuvia ympäristöjärjestelmän osa-alueita rakennettiin ja valmiita arvioitiin. Yhdyskuntatoimessa alkoi laatu-, ympäristö- ja turvallisuusjärjestelmien yhteensovittaminen yhdeksi toimintajärjestelmäksi. Ympäristöjärjestelmää kuvaava käsikirja hyväksyttiin Jyväskylän Seudun Puhdistamossa ja Aluetekniikka päivitti oman ympäristökäsikirjansa.
Ympäristöjärjestelmän toimintaa arvioitiin Terveyskeskussairaalassa, Total puhtauspalveluissa, Aluetekniikassa sekä kehittämiseen liittyvää ympäristöarviointia tehtiin yhdyskuntatoimessa ja opetustoimen osalta Tikan koulussa. Toimialoilla oli omia projekteja ja hankkeita edistämässä toiminnan ekotehokkuutta. Aalto Alvarissa käynnistyi energiankäytön tehostamiseen liittyvä projekti joka on osa vuoden 2007 kesään kestävää Pro Mid Nord-hanketta jonka tavoitteena puolestaan on edistää kestävän kehityksen periaatteiden huomioimista Keski-Pohjolan maakunnissa. Tilapalvelu käynnisti yhdessä Total kiinteistöpalveluiden kanssa EnerKey -ohjelmaan liittyvän, ympäristöyhdyshenkilöille suunnatun koulutuksen jossa ohjattiin kaupungin omistamissa tiloissa käyttäjiä energian- ja vedenkulutuksen seurantaan, omatoimiseen työyhteisönsä energiankäytön hallintaan ja välittämään käytäntöjä edelleen.
Vuonna 2005 harjoiteltiin ensimmäistä kertaa tilinpäätöksen ympäristöliitteen kokoamista. Suomen kuuden suurimman kaupungin kestävän kehityksen raportoinnin kehittämishanke tuotti kaupunkien käyttöön 27 yhteistä indikaattoria. Indikaattoritieto antaa kattavamman kuvan kaupunkiorganisaation ympäristövastuullisen toiminnan mahdollisista vaikutuksista yhdyskunnan toimintaan. Kerätyn tiedon mukaan autoistuminen kaupungissa on lievässä kasvussa, joukkoliikennematkojen määrä asukasta kohden vuorokaudessa on pysynyt vakiona kolme edellistä vuotta kuten myös kevyen liikenteen väylien pituus. Vuonna 2004 Jyväskylässä oli luonnonsuojelualueita 0,39 % koko kaupungin maa-alasta, virkistysalueita 10,7% asemakaava-alueesta. Seuraavien vuosien lukuarvot antavat tietoa kehityksestä ja ohjaavat asetettaviin ympäristöpäämääriin.
Kuuden indikaattorin tuottamaa tietoa kerättiin Jyväskylässä kuvaamaan kaupunkiorganisaation oman toiminnan suoria ympäristövaikutuksia jotka liittyvät veden, energian ja paperin kulutukseen, työmatka-ajoihin, hankintoihin ja jätehuoltoon. Kaupungin omistamissa toimitilarakennuksissa veden ominaiskulutus 2004 oli 141,2 litraa/m³, lämmön 36,9 kWh/m³ ja sähkön 18,6 kWh/m³. Yhdyskunnan vedenkulutus 2004 oli 260 litraa asukas, kokonaisvedenkulutuksesta Kankaan paperitehtaan osuus on 20%.
Julkisilla hankinnoilla voidaan luoda ja tukea ympäristötuotteiden markkinoita. Painotalojen kilpailutuksen tuloksena digi - ja kopiopalveluissa kopioidaan uusio- tai ympäristömerkin edellytykset täyttävälle paperille ja kaupungin julkaisuihin on mahdollista painattaa ympäristömerkki. Toimistopaperi täyttää ympäristömerkin kriteerit. Matkapuhelimissa siirryttiin vähemmän raskasmetalleja sisältäviin akkuihin. Pesuaineissa pyydettiin tarjoamaan jokaiseen tuoteryhmään kahta tuotetta joista toisen tulee täyttää ympäristömerkin kriteerit. Tämä tarkoittaa käytännössä sitä, että sopimustoimittajalta löytyy ympäristömerkin tuote lähes jokaisessa tuoteryhmässä.
Kevään ja syksyn ympäristöpäivien aiheet kiertyivät järjestelmän itsearviointien ja tilinpäätöksen ympäristöliitteen ympärille. Koulutuksissa esiteltiin yhteiseen käyttöön tarkoitettu ympäristönäkökohtien merkittävyyden arviointilomake, valmiit lomakepohjat auditointeihin sekä muun muassa menettelymalli miten lakisääteisiä ja muita vaatimuksia sovelletaan ympäristönäkökohtiin ja järjestelmän kehittämiseen.
Ympäristönsuojelun arkea piristivät kansainväliset vieraat Nigeriasta Länsi-Afrikan rannikolta, Lagosin osa-valtiosta. Vieraat perehtyivät ympäristökasvatukseen, ympäristönsuojeluun ja ympäristöjärjestelmään Jyväskylässä.